在扎卡耶夫死后的五年时间里，世界的局势不仅没有好转，反而更加危机了。虽然扎卡耶夫倒下了，但倒下的也只有他一个人而已，他曾经的手下沃舍夫斯基领导着他的部队赢得了俄X斯内战的胜利，并且一举坐上了俄总统的位子。扎卡耶夫则成了俄X斯的英雄烈士，而他另一部分余部则跟着马卡洛夫活跃于整个世界。
马卡洛夫不讲规则，不分国界的进行着自己的战争，是个不折不扣的恐怖分子。但是他与扎卡耶夫的思想不同，他不效忠于任何国家，也没有任何信仰，他所做的这一切只为了用鲜血所换来的金钱，而且马卡洛夫非常痛恨沃舍夫斯基的所作所为，认为沃舍夫斯基是个背叛者！
为了应对这个烂摊子，美英等国家联合组建了141特勤队，这是一支拥有世界上最出色战士的队伍，其战地指挥是约翰·普莱斯和约翰·麦克塔维什（肥皂），副指挥是西蒙·莱利（幽灵），他们的总指挥官是谢菲尔德将军。但是队长普莱斯却在一次任务中被俘，至今下落不明！？
此时位于哈萨X斯坦天山山脉的俄军捕捉到了美军的一个军用卫星，为了防止卫星上的军事机密泄露，所以谢菲尔德派肥皂和加里·桑德森（小强）前往天山。他们潜入俄军基地之后成功取回了卫星上的重要装置攻击识别模块。
谢菲尔德是个城府很深的人，随后在一次阿X汗的行动中一等兵约瑟夫·阿伦被谢菲尔德看中，并把阿伦照进141特勤队，但阿伦入队第一件事情并不是与其他队员见面，因为有一个非常凶险的任务在等着他，谢菲尔德把阿伦安插到了马卡洛夫的内部。这个昨天还在前线英勇奋战的战士，转眼就被卧底到全世界最危险的人身边，如果昨天的战斗是正义的，那今天的战斗绝对是邪恶的。
马卡洛夫带着包括阿伦在内的一共五人血洗了俄X斯的飞机场，但是阿伦怎么也没有想到他的卧底身份只是坚持了不到半天，在他们即将逃离的时候马卡洛夫非常淡定的击毙了阿伦，而这一枪的能量足以撼动世界，因为让一个现役美军特种兵躺在恐怖袭击的现场是再有力不过的证据，现在全世界都认为是美X发动了这场袭击，俄X斯对此肯定不会善罢甘休！
美X想要为自己正名，只有先把这个马卡洛夫罪魁祸首找出来，目前唯一的突破口是提供给他武器的军火商罗哈斯，随后谢菲尔德安排141特情队前往里约抓捕罗哈斯，在他们得手准备撤离的时候却发现指挥部已经乱成一锅粥，原来这个时候俄军为了报复已经开始大肆入侵美X东海岸！
其实在小强和肥皂夺回识别模块之前，俄军已经对其进行了破解和复制，美X的预警卫星也就都变成了睁眼瞎，等空管用肉眼看到天上几百架战斗机飞过来的时候已经太晚了，美X被打了个措手不及，虽然美军竭尽全力反击，但是处在上风的俄军还在向内陆继续挺进！
随后被困在里约的特情队队员们在老朋友尼古莱的帮助下撤离了这里，从罗哈斯嘴里只得到一件有用的情报，那就是马卡洛夫非常痛恨627号犯人，他们打算利用627引出马卡洛夫，可能这也是唯一能引蛇出洞的机会了。
这名囚犯被关在俄X斯的劳改营，这里关押着一些凶悍却又不能被处死的人，在141特勤队与美海军会合后，便立刻向劳改营发动了攻击，当他们找到627囚犯时，却惊讶的发现他尽然是失踪已久的队长普莱斯。死里逃生的普莱斯带着141的魂归队了，当普莱斯了解现在世界的局势后评价到：“现在这个世界比我离开的时候更像地狱了”！
但普莱斯似乎有离开这个地狱的方法，他随机带领141特勤队前往一处俄军的核潜艇基地，他们来这的唯一目的只有一个，那就是向华X顿的上空发射一枚核弹。其实现在美X的首都华X顿因为俄军的入侵已经快变成了废墟，而仍处于优势的俄军甚至已经占领了白X，但是由于普莱斯这一看似疯狂的计划却逆转了当前的局势，因为核弹在大气层上被引爆，所以由此产生的电磁脉冲几乎损坏了地面所有的电子设备，包括天上无数的俄军战机，这对俄军来说绝对是致命的，但对于美军来说是一次翻盘的好机会。
随后美军列兵拉米雷斯在上级福利中士的带领下，开始围剿剩下的敌人，他们的通讯设施因电磁脉冲影响均已损坏，但从白X附近的备用广播得知因美军司令部认为华X顿已经沦陷，所以派出战机准备空袭整个地区，他们速战速决重新夺回了白X，并在屋顶使用照明棒向飞过的空军战机示意终止轰炸任务，与此同时还有更多的楼顶冒出亮光，这也意味着美X本土战火的结束。
